按洁净室主要控制对象划分洁净室又可划分为：工业洁净室、生物洁净室。

1、工业洁净室

工业洁净室主要的控制对象是灰尘粒子（不分有生命的、无生命的）,某些工艺过程还要求控制分子态污染物AMC。

工业洁净室主要应用在电子、航天、航空、机械、化工、化学制药、能源、纳米等工业中。尤其是电子工业和光电子工业更是离不开洁净室和洁净技术。

2、生物洁净室

生物洁净室主要控制对象是有生命的、活的微生物粒子，如病菌、病毒等对人类、动物、环境有害的粒子。

生物洁净室广泛地应用在医疗（洁净手术室、洁净病房）、生物制药、实验动物饲养、生物安全实验室、卫生防疫检疫的事业中。生物洁净室的发展速度非常快，而且得到了各方的认同和重视。